存在的问题
一、《动物防疫法》及其配套法规有待进一步完善
《动物防疫法》对大量存在的违法行为处理力度过低或无处罚措施。《动物防疫法》第46条规定的3种违规行为没有罚款规定，处理力度太低，违法行为人对处理费用由自己承担的规定不屑一顾。在实际工作中，造成了拒绝免疫、不按程序免疫，不按规定清洗消毒动物运载工具、垫料、包装物，不按规定处置染病动物及其排泄物、病死动物尸体的情况大量发生，严重影响了动物防疫工作更好地开展。《动物防疫法》对拒检、逃检的违法行为没有处罚规定，动物防疫监督机构在查处此类违法行为时，只能补检，而不能惩处，缺乏打击手段和力度，致使拒检、逃检、转移、销售染疫动物（动物产品）等现象多次发生。《动物防疫法》对无《动物诊疗许可证》从事动物诊疗活动无处罚规定，尽管规定对兽医从业人员实行资格考试，对从业活动实行许可证制度，但由于《动物防疫法》对无证从业活动如何查处和追究没有规定法律责任，动物诊疗管理秩序始终无法建立和维持。还有《动物防疫法》对个人瞒报动物疫情无处理措施，一些个体兽医，隐瞒动物疫情，留病养医，扰乱动物防疫工作秩序，造成动物疫病扩散、流行。另外，在实际工作中，按照《动物防疫法》的规定应追究动物防疫违法人员的刑事责任，但在刑法中找不到相应的具体条文，往往只能套用相近条款，这样做在刑事诉讼中很可能败诉，因此有时就干脆不追究刑事责任，结果导致动物防疫执法不力。
二、动物防疫执法主体资格不明确
1.机构设置上存在问题
《动物防疫法》至今颁布实施6年多，动物防疫监督机构的设置仍然没有一个统一的格式，有的防治、动检、监督各自单设；有的其中两者合设。在单位名称上也各不相同，在单位性质上有的为全额事业单位，有的为差额事业单位，还有的为自收自支事业单位，也有少数归行政系列。这些不统一性已严重影响了动物防疫、检疫、监督工作的正常开展，在职能划分上没有一个明确的规定，开展工作各自为政，甚至互相扯皮，本来是统一的法律，由于没有统一健全的机构和执法队伍，造成监管不力、工作的混乱，损害了防疫执法的形象。
2.在法人主体资格上存在问题
根据《民法通则》第37条规定，法人应当具备下列条件：一是依法成立；二是有必要的财产或经费；三是有自己的名称、组织机构和场所，四是能够独立承担民事责任。而事实上还有些动物防疫监督机构没有取得独立法人资格，一些市、县级动物防疫监督站（所）属非独立法人事业单位，只是畜牧兽医行政管理部门的内设二级机构。按照《行政诉讼法》规定，不具备独立法人资格的单位，不能作为执法主体。动物防疫监督机构不是独立的执法主体，如何行使动物防疫执法权力？极易引起相关行政诉讼的败诉。
3.基层畜牧兽医站面临困境，动物防疫执法工作难以到位
做好动物防检工作，必须要有一支强有力的乡镇基层兽医队伍。目前，基层兽医队伍的知识、年龄结构、业务及政治素质参差不齐，已无法适应当前日益繁重的动物防检工作需要。一些地方将乡站的管理权下放到乡政府后，出现乡镇政府管不了，县业务部门无权管，专业人员流失，财务管理混乱，有的财产被拍卖，队伍被解散等现象。基层动物防疫工作开展困难，动物防疫执法工作难以到位。
4.经费投入不足，动物防疫执法基础设施落后
动物防疫执法基础设施是开展动物防疫检疫工作的基础。但是，一些地方由于领导对动物防疫执法工作的重要性和必要性认识不够、投入严重不足，执法设备、设施不能完全到位，影响了动物防疫执法工作的开展。一些地方由于没有财政拨款，靠自收自支维持工作运转。
措施与对策
一、 完善《动物防疫法》及其配套法规
《动物防疫法》已颁布多年，随着畜牧业发展，新事物层出不穷，而且中国加入WTO后，其中一些条文已不适应发展需要，难与国际接轨，需要完善和修改，同时应尽快出台配套的相关法规，细化有关条款，减少工作中的死角，加大处罚力度，使违章案件的处理有法可依，便于操作。
二、 健全执法体系，进一步明确动物防疫执法主体
《动物防疫法》规定“县级以上人民政府所属的动物防疫监督机构实施动物防疫和动物防疫监督”。动物防疫监督机构首先应是行政执法部门，列入行政编制；其次应具备法人资格，依法成立，有自己的办公场所和经费，人、财、物独立，能独立的行使权力和承担义务。应尽快理顺动物防疫执法体系，将动物防疫监督机构列为县级以上人民政府所属的，并由畜牧兽医行政部门主管的独立行政执法机构。
三、大力推进产地检疫，重点做好定点屠宰检疫
产地检疫是动物防疫执法管理的重要一环，是整个防疫执法的基础，是贯彻“预防为主”，提高检疫质量的前提；屠宰检疫关系到群众肉食安全，必须认真整顿规范，做到随宰随检，有宰必检。各地要结合当地实际，制定有效措施全面落实，提高动物、动物产品卫生质量。
四、加大执法力度，强化动物防疫监督管理
在贯彻实施《动物防疫法》过程中，要充分体现有法必依，违法必究和依法处罚的法律原则。政府有关部门应充分认识动物及产品流通环节的监督管理工作的重要性，加大流通环节动物防疫监督管理力度，支持、配合动物防疫监督部门，加强对逃检、拒检，运输途中出售病害动物、动物产品等违法行为的查处力度，特别要防止动物疫病传入流出，这是有效控制动物疫病，确保畜牧业健康稳定发展的一项必要措施，也是动物防疫执法工作的重点。
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