动物及其产品的检疫自上个世纪80年代中期开始与动物防治工作分离，形成了一项专业性很强带有政府执法行为的工作。自上个世纪90年代初期起各地陆续建立了动物检疫的专门机构和检疫队伍，动物检疫成为动物防疫工作的重要组成部分，为控制和消灭人畜共患的重大疫病，为人类动物食品的安全和动物产品的出口贸易作出了重要的贡献。然而这项越来越显得重要的工作在诸多方面仍存在误区，与国家日益深入发展的市场经济的要求不相适应。在一些地区这些误区已成为改革开放和经济发展的阻力，甚至成为社会不安定的因素之一。
当前动物检疫工作的误区主要表现形式
私自滥宰严重，市场补检仍为主要形式。在部分地区以生猪为主的畜禽定点屠宰至今仍未完善，半数以上的小刀手仍在家里或黑窝点上杀猪，由此造成在定点屠宰点上杀的猪肉和点外杀的猪肉等产品在市场补检，否则这些肉品即成为未经检疫肉品，一同在市场销售。这就导致个体屠户在屠宰点上批发1头猪肉，再将自己在家中杀的猪肉掺在其中一起销售，以逃避检疫人员的检查。在这些地区，每天逃漏检的肉品已经占市场销售量的三分之一以上。
此外，一部分小刀手将在自己家中屠宰的病死猪肉夹杂在从屠宰点上批发来的经过检疫的猪肉一起销售，以带检疫印讫标记的肉做幌子，蒙骗消费者。在这些地区，点外宰杀的老母猪肉、注水肉等堂而皇之地在市场上销售，检疫人员无可奈何，若要处理又缺少法规依据。个体屠户将点外杀的猪(有时甚至是病死猪)产品，直接送到宾馆、饭店、学校或机关食堂等集体伙食单位，不仅常年逃避检疫和国家税费，而且导致这些集体伙食单位的采购人员与其内外勾结，滋生经济犯罪。
一些单位和个人拒交和少交检疫费。在一些地区大中型屠宰加工单位(年屠宰生猪量少则几万头，多则几十万头)利用地方政府招商引资的优惠政策，不接受动检部门的检疫或只接受检疫但不交或少交检疫费(如有的屠宰检疫1头猪只向动检部门交一两毛钱的检疫费)。在这些地区，地方政府一屁股坐在企业一边，对动检部门的工作不予支持，有的则动用行政命令强迫动检部门为这些企业的屠宰及产品调运开检疫证，但不准收费。
将检疫工作招标承包给小集体、个人或与单位的创收挂钩。在少数县或乡镇，把动物及其产品的检疫看成是创收来源。把检疫收费与门诊收费放在一起管理，每年定出承包数额，规定上交数额，不管你是否懂专业，只要能交足钱即可中标任站长。而中标的站长由于不懂专业，又调动不了原有检疫人员的积极性，则用社会上的一部分闲散人员为其检疫收费。这种例子虽是个别现象，但是其影响极坏。
检疫违法违规违纪现象严重。一些地区的动检主管机构眼里只看到收费，而放松对辖区内的动检监督管理，导致该地区一些检疫违法违规违纪事件时有发生，使发生在基层的一些老毛病长期得不到遏制，具体表现为：转让、买卖检疫票证现象时有发生；只收费不检疫或只收费不出证现象长期难以杜绝；重肉品检疫轻产地检疫；按摊位按月收费等。
地方政府及其行政主管部门以保护地方利益为借口，为屠宰加工病死动物的民营企业撑起保护伞。
检疫设备短缺，检疫手段滞后，检疫队伍总体素质低下。
将基层兽医站在机构改革中补撤并，县有以下服务体系已线断网破。相当多的地区在机构改革中将乡镇兽医站撤消，成立农业技术综合服务中心。该中心中一般只保留1名兽医人员，既搞防疫又搞检疫，而实际上许多乡镇猪年饲养量达5万头以上，禽达几十万羽以上，如此一来，这些乡镇动物产地检疫没人搞，肉品没人检，防疫报表没人出。尽管目前省市两级政府的牧医主管部门正在努力扭转这种局面，但已造成的现实在短期内仍难于彻底改观。
建议与对策
要做好动物检疫工作，笔者认为应从以下三方面着手，即抓机构和队伍建设；加大政府投入；健全和完善有关法规和规程。
统一动检机构名称和执法主体性质。针对目前全国各地市县两级动检机构名称太多太乱的现状，依据《中华人民共和国动物防疫法》规定，统一全国市县两级动物防疫监督机构名称。理顺动检机构的名称及其执法主体的性质，有利于动检工作逐步与国际接轨，也有利于国家兽医官制度在未来的实施，更有利于当前动物检疫工作从根本上向更高水平推进，使目前站所合署办公造成工作上互相扯皮、推诿、敷衍应付的现象得以纠正。
以县为单位对动检队伍实行垂直统管，在此前提下重新组建动检队伍。2002年上半年颁布的农业部第14号令“动物检疫管理办法”已规定了动物检疫工作从乡镇剥离出来，而由县动物防疫监督机构直接负责辖区内的全部动检工作。根据目前许多地区在机构改革中把乡镇兽医站撤消或撤并的做法，最好的纠正对策就是以县动物防疫监督机构对全县的动检队伍实行统一垂直管理。在一个县可设立几个分站(所)，每个分站管理3个--5个乡镇，配备8名--10名动物检疫员，即每县设立50名--60名动物检疫员；由县人事、牧医主管部门联合定编定人，享受财政拨款；检疫收费上交财政，收支两条线。近年来的实践证明这是一个可行的做法，这样做法的核心是对原有的动检队伍进行新建重组，使动检队伍素质得到一次脱胎换骨的提高。
发挥政府在动检工作中的领导作用，加大政府对动检工作的投入。根据《中华人民共和国动物防疫法》规定，各级人民政府对辖区内的动物防疫工作负领导责任。因此，应充分发挥政府在动检工作中的领导作用，加大各级政府对动检工作的投入，尤其是目前已开展的无公害畜产品的检疫、检测、鉴定工作，加大检测设备、检疫设备的硬件投入，彻底改变动检设备短缺、检疫手段滞后的局面，应是各级政府的工作议事日程的重要组成部分。民以食为天；保证人们动物源性食品的健康无害和质量安全应该说是各项工作中的重中之重。
健全和完善有关的法规。1959年由原农业部、卫生部、商业部、对外贸易部联合颁布实施的《肉品卫生检验试行规程》，40多年来曾对动物及其产品的检疫检验发挥了巨大作用，随着国家的经济发展和两个文明程度的提高，目前规程中的一些条款亟待修改和补充完善，尽管农业部、国家技术监督局已颁布了大量的无公害标准和办法，但目前仍末见到任何—个标准办法能替代这—规程。
又如在生猪主要产区，每年平均有20％以上的老母猪要淘汰。这么多的老母猪不可能都埋掉，那么老母猪肉应如何处理应该在法规上确定下来，这样才能在日常的动检工作中做到有法可依，便于操作。
动检人员应统一着装。近20年的动检工作实践证明，着装与否对动检工作能否顺利开展关系很大。目前各行各业都在着装，社会上连看大门的、吹鼓手之类都在着装，那动检人员为什么不能着装?但着装必须由农业部下文，全国统一，否则各地差异很大，成了“八国联军”。
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