1．病原微生物感染：由于哺乳仔猪胃肠消化机能差、胃酸分泌有限不足以抑制入侵的病原微生物繁殖，常造成肠内乳糜被分解成有害物质引起炎症，从而造成消化障碍，其内容物异常发酵腐败产生毒素物质和气体刺激肠道蠕动加快导致吸收障碍，引起腹泻。
（1）致病性大肠杆菌：可引起产后2小时至断奶期间的仔猪腹泻，按发病日龄分三种：1－5日龄容易发生仔猪黄痢，表现为排黄绿色水样粪便；10日龄容易发生仔猪白痢，表现为排白色或灰白色粥状粪便死亡率不高；断奶时容易在发生水肿病的同时发生腹泻。
（2）轮状病毒：几乎所有的仔猪都有可能感染轮状病毒，但大多数呈现亚临床症状。在猪场母猪因获得性免疫并通过乳汁（母源抗体）保护初生仔猪，其发病率降低。如果仔猪缺少被动免疫则临床症状比较严重，仔猪发生率高，表现为下痢、粪色暗或黄白较腥臭，若无此感染，死亡率大约在5－6％之间。
（3）传染性胃肠炎、流行性腹泻：这是高度接触性肠道传染病，发病急，传播快，引起呕吐，严重腹泻脱水和10日龄仔猪死亡率高为特征。
（4）魏氏梭菌：病原在肠道内大量繁殖，产生多种毒素及活性物质引起出血性坏死性肠炎，仔猪产后10小时即可发病，拉灰黄色稀便或混有多量血液的粪便（俗称：仔猪红痢），发病死亡率高达100％。
（5）猪球虫病：一般6－10日龄的仔猪多发，以肠绒毛萎缩、空回肠粘膜不同程度糜烂、腹泻消瘦及生长缓慢为特点，感染率的50－75％，病死率较低。
（6）猪瘟、伪狂犬、猪痢疾等也会引起仔猪腹泻。
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