林可霉素在兽医临床上主要用于治疗革兰氏阳性菌，特别是耐青霉素的革兰氏阳性菌所引起的各种感染，霉形体引起的家禽慢性呼吸道病、猪喘气病，厌氧菌，感染，如鸡的坏死性肠炎等，也用于治疗猪密螺旋体痢疾、弓形体病和狗、猫的放线菌病。
防治猪喘气病
过去临床上多用土霉素、卡那霉素、泰乐菌素等进行治疗，但治疗不彻底，停药后容易复发。林可霉素治疗猪喘气病，具有疗效高、副作用小、毒性低及病灶吸收快等优点。
ChorlesFarho认为林可霉素是最适用于抗霉形体肺炎的治疗药物，尤其是对猪肺炎霉形体，可在感染病灶部位达到较高浓度。
美国普强公司研究表明：应用林可霉素治疗猪喘气病疗效可达98%。
何在启等人通过复方盐酸林可霉素(主要成分为盐酸林可霉素、增效剂、缓释剂)对猪喘气病的疗效试验表明：复方型酸林可霉素的治疗效果较泰乐菌素、长效土霉素和硫酸卡那霉素好，其总有效率分别高出18，89%、30.56%和62.22%，治愈率达到92.7%。说明盐酸林可霉素的复方制剂治疗猪喘气病疗效较好，是目前治疗该病较理想的药物。
金洪效报道：以每千克体重50毫克林可霉素，5天一疗程治疗猪喘气病可获得较为满意的结果。
罗超应等人报道：盐酸林可霉素—硫酸大观霉素复方预混剂（每100克预混剂含盐酸林可霉素和硫酸大观霉素各22克）能有效地控制猪肺炎霉形体与大肠杆菌混合感染的发生和发展，可显著降低两种病菌混合感染引起的死亡率。建议临床应用时，预混剂按每吨饲料添加1.0千克，连用7～10天。
防治猪痢疾
林可霉素在治疗猪痢疾有较好疗效：据英国文献报道，英国18个猪群用林可霉素治疗猪痢疾，停药观察3个月，无复发病猪出现，认为林可霉素是唯一根治猪痢疾的有效药物。
VanBuren通过比较林可霉素与卡巴氧对自然感染痢疾猪的治疗效果的研究表明：林可霉素治疗和控制猪痢疾的效果（死亡率为4%）优于卡巴氧（死亡率为27%）。
黄立华等人研究表明：盐酸林可霉素按每千克体重15～20毫克对感染痢疾猪进行一次肌注治疗，痢菌净疗效好、给药简便（痢菌净以每天2次，2～3天为一疗程给药）、复发率低。
刘贵滨等人将盐酸林可霉素校110ppm浓度添加于饲料中治疗自然感染猪痢疾，结果表明：用药3～5天后可以消除临床症状，投药3个疗程可完全杀灭肠腺窝中的密螺旋体，停药后观察3个月，未出现复发病例，建议用盐酸林可霉素预防和治疗猪痢疾，可分别以55ppm、110ppm浓度添加于饲料中。
对猪其他疾病的防治
防治仔猪黄痢
孙耀华等用林可霉素1～2毫升，地塞米松1～2毫升，维生素C 2～3毫升，一次分别肌肉注射；同时给予口服补液盐（氯化钠3.5克，氯化钾1.5克，小苏打2.5克，葡萄糖20克），以温开水1000毫升溶解后，供仔猪自由饮水，按每千克体重每次50～100毫升，每天2次，连用24天，治疗仔猪黄痢可获良好效果。
治疗仔猪白痢
仔猪白痢是仔猪生产中危害最大的常见病，用临床常用的抗生素治疗，效果不理想。李兴如以2毫升林可霉素注射液、2毫升地塞米松注射液，混合一次对仔猪进行肌肉注射，每天1次，连用2天；同时，给每头仔猪肌肉注射牲血素（一种补铁注射剂）1～2毫升，单独注射一次，用以治疗仔猪白痢取得理想的效果。林可霉素和地塞米松有抗菌、抗炎、抗过敏的作用，而仔猪白痢多与仔猪缺铁有关，注射补铁剂有辅助治疗作用。
治疗猪支气管炎
孙志良等人用盐酸林可霉素治疗支气管炎，临床疗效研究表明：对病猪肌肉注射盐酸林可霉素每千克体重0.2毫升，每天2次，连用3天，治疗的总有效率为96.4%，与对照组盐酸土霉素（77.2%）比较，疗效极显著。而陈小军等人通过盐酸林可霉素及其与甲氧苄胺嘧啶（TMP）组成的复方制剂，按每千克体重0.15毫升肌肉注射以治疗猪支气管炎，每天2次，连用3天，取得较满意疗效。
防治猪链球菌病
猪链球菌病的症状和病情复杂多变，虽然用青霉素或者磺胺类药物有一定效果，但用药时间长，易产生耐药性，且造成药物残留。盐酸林可霉素具有明显的抗革兰氏阳性细菌的作用，具有优良的药物动力学特征，不良反应少。谭溪靖等人通过盐酸林可霉素对仔猪链球菌病的防治试验，以每千克体重0.2毫升进行肌肉注射，每天2次，连用3天，治疗仔猪链球菌病的有效率为93%；而青霉素注射液的有效率为83%；注射生理盐水作空白对照，有效率为36%。由此说明链球菌对林可霉素具有高敏性。
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