林可霉素在兽医临床上主要用于治疗革兰氏阳性菌，特别是耐青霉素的革兰氏阳性菌所引起的各种感染，霉形体引起的家禽慢性呼吸道病、猪喘气病，厌氧菌，感染，如鸡的坏死性肠炎等，也用于治疗猪密螺旋体痢疾、弓形体病和狗、猫的放线菌病。
防治猪喘气病
过去临床上多用土霉素、卡那霉素、泰乐菌素等进行治疗，但治疗不彻底，停药后容易复发。林可霉素治疗猪喘气病，具有疗效高、副作用小、毒性低及病灶吸收快等优点。
ChorlesFarho认为林可霉素是最适用于抗霉形体肺炎的治疗药物，尤其是对猪肺炎霉形体，可在感染病灶部位达到较高浓度。
美国普强公司研究表明：应用林可霉素治疗猪喘气病疗效可达98%。
何在启等人通过复方盐酸林可霉素(主要成分为盐酸林可霉素、增效剂、缓释剂)对猪喘气病的疗效试验表明：复方型酸林可霉素的治疗效果较泰乐菌素、长效土霉素和硫酸卡那霉素好，其总有效率分别高出18，89%、30.56%和62.22%，治愈率达到92.7%。说明盐酸林可霉素的复方制剂治疗猪喘气病疗效较好，是目前治疗该病较理想的药物。
金洪效报道：以每千克体重50毫克林可霉素，5天一疗程治疗猪喘气病可获得较为满意的结果。
罗超应等人报道：盐酸林可霉素—硫酸大观霉素复方预混剂(每100克预混剂含盐酸林可霉素和硫酸大观霉素各22克)能有效地控制猪肺炎霉形体与大肠杆菌混合感染的发生和发展，可显著降低两种病菌混合感染引起的死亡率。建议临床应用时，预混剂按每吨饲料添加1.0千克，连用7～10天。
防治猪痢疾
林可霉素在治疗猪痢疾有较好疗效：据英国文献报道，英国18个猪群用林可霉素治疗猪痢疾，停药观察3个月，无复发病猪出现，认为林可霉素是唯一根治猪痢疾的有效药物。
VanBuren通过比较林可霉素与卡巴氧对自然感染痢疾猪的治疗效果的研究表明：林可霉素治疗和控制猪痢疾的效果(死亡率为4%)优于卡巴氧(死亡率为27%)。
黄立华等人研究表明：盐酸林可霉素按每千克体重15～20毫克对感染痢疾猪进行一次肌注治疗，痢菌净疗效好、给药简便(痢菌净以每天2次，2～3天为一疗程给药)、复发率低。
刘贵滨等人将盐酸林可霉素校110ppm浓度添加于饲料中治疗自然感染猪痢疾，结果表明：用药3～5天后可以消除临床症状，投药3个疗程可完全杀灭肠腺窝中的密螺旋体，停药后观察3个月，未出现复发病例，建议用盐酸林可霉素预防和治疗猪痢疾，可分别以55ppm、110ppm浓度添加于饲料中。
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