通常所有合法注册的疫苗用于健康动物接种都应该是安全的，但疫苗终归对动物机体来说是一种异物，在接种疫苗后，机体在产生免疫应答的同时，机体也受到一定程度的损伤，轻则应激，诱发畜禽体温升高、少食或停食，影响生产，重则导致过敏，诱发畜禽流产死亡。从理论上讲免疫接种后难免存在不良反应和过敏反应，据猪e网网友了解，在实践操作方面确实也存在一定因素，也是不容忽视的重要环节。
不良反应的表现
1.正常反应。是指由于疫苗本身的特性而引起的反应，大多数疫苗接种后动物不会产生明显的不良反应，少数疫苗接种后，常常出现一过性的精神沉郁、食欲下降、注射部位短时轻度炎症等局部性或全身性异常表现。如果这种反应的动物数量少，反应程度轻，维持时间短暂，应属正常反应。
2.严重反应。是指与正常反应在性质上相似，但反应程度较重，或出现反应的动物数量较多的现象。出现严重反应的原因通常是由于疫苗质量低劣，或毒株的毒力偏强，剂量过大，操作不正确，接种途径错误，或使用对象不正确等因素引起。
3.过敏反应。由于疫苗本身或其培养液中某些过敏原的存在导致疫苗接种后，动物迅速出现过敏反应的现象，症状表现为黏膜发绀，缺氧严重的呼吸困难，呕吐、腹泻、虚脱或惊厥等全身性反应和过敏性休克。
4.疫苗接种后有时可能造成诱发性疾病。
不良反应的原因
1.个体差异：由于各种畜禽机体
情况的不同，对外界环境各种应激适应抵御程度不等，所以在接种疫苗的过程中难免有特殊情况出现，个别过敏性体质的畜禽注射免疫苗后机体极易发生较强烈的毒副作用。
2.疫苗产品：使用了不合格的疫苗或假劣疫苗。
3.畜禽保定：抓捕动物动作粗暴，待免畜禽受到惊吓，发生冲撞挤压或惊群，引发机械性损伤或应激。
4.注苗方法：不按科学流程注苗，消毒不严，超剂量接种，选择给苗途径有错误。
5.健康状况：大群免疫时，对病弱消瘦畜禽同时加注疫苗。由于畜禽体质较弱，对疫苗易产生较高致敏性。
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