目前养猪业预防疾病多采用疫苗和抗生素结合的方法，这种模式对近年来由于免疫抑制导致暂时性或持久性的免疫应答功能紊乱无效，如烈性疾病“猪蓝耳病”、“猪五号病”、“非典型猪瘟”等大范围暴发。其治疗难度大，死亡率高，给养殖业造成巨大损失。同时也有些疾病不表现明显的临床症状，但往往造成母猪不发情、配种率低、死胎、木乃伊胎，严重影响猪场效益。
1.抗生素过度使用造成免疫紊乱
机体拥有的免疫系统就像一个军队，即帮助我们抵抗外界的侵入（如细菌、病毒等），又能镇压内乱（如细胞癌变等）。当免疫力很好的时候，动物就不容易生病，即使是感染到细菌病毒也能很快自身恢复。
抗生素只作用于细菌，对病毒完全无用。另外，抗生素有抑制免疫系统的作用。免疫系统是人体的军队。抗敌本是军人的职责，现在从外面请了职业杀手，军队的军人就不用工作了。长期下来军人就忘了本职，甚至变得敌我不分了。所以，长期服用抗生素，免疫力就会越来越低，当然就越来越容易生病。而且在细菌和抗生素的战斗过程中，大部分细菌会被抗生素杀死，剩下的那小部分为了生存会产生变异，变成更强壮的细菌。变异了的细菌对这种抗生素就产生了抵抗性。
现代猪场保健中大量使用抗生素已经成为一种习惯，在抗生素使用产生耐药性的情况下，猪场一方面加大抗生素使用剂量，另一方面在不断寻找新的抗生素，同时还在相信一些兽药厂家所谓的复方制剂。从长远来看，其实仅仅是增加了药物使用成本和为兽药厂家增加销量和利润，对猪的健康没有太大的帮助，并且给猪的免疫系统造成了影响，使猪的抗病力下降，接着就需要更多的抗生素来保障猪的健康，进而陷入一种恶性循环。一旦出现烈性病毒感染，猪就完全失去抵抗能力，就大面积发病，死亡，猪场就会蒙受巨大损失。
2. 过度免疫打乱了正常的免疫应答
疫苗免疫是控制疾病流行的重要手段，但并不是万能的救世主。现代猪场技术人员过分的依赖疫苗和复杂的免疫程序。其实大量的疫苗免疫给猪的健康同时带来很很大影响，除了免疫时的应激外，对猪的正常免疫机能过度干扰，造成免疫紊乱。机体的免疫分特异性免疫和非特异性免疫，非特异性免疫相当于机体内的常备军，出现快，作用范围广。特异性免疫相当于特种部队，专用于打特种战争，特性性和记忆性是两大法宝，通过致病因子类似的物质或低毒致病因子先让机体进行实战演习，产生免疫记忆，以后一旦疾病来袭，机体马上进行免疫应答，对来犯致病因子进行消灭。两种免疫体系相互补充，共同完成对疾病的抵抗。但免疫程序太复杂时，频繁的让机体演习，给机体带来不良的刺激，会造成免疫系统疲劳和紊乱。此外，通过疫苗免疫，让机体产生免疫记忆只是在机体免疫系统正常的时候才可以达到，一旦机体受疾病或其它因素导致免疫抑制，暂时性或持久性免疫应答紊乱，疫苗免疫不但不会产生免疫记忆，而且还会有很大的风险。特别是疫苗质量不过关或采用弱毒苗免疫时，可以直接导致猪的发病。因此，疫苗免疫是必要的，但要适可而止，根据自己猪场实际情况制定合理的免疫程序。
3.猪的饲养中的关键免疫调控阶段
对于母猪来讲，妊娠前期机体免疫系统自动调节，免疫机能受到抑制，有利于受精卵着床，到中后期开始恢复，在妊娠中后期70-95天是妊娠母猪免疫再生期最活跃的阶段，同时也是仔猪免疫功能和心血管系统快速发育的阶段。此时，母猪整体免疫力得到恢复和猪乳腺细胞快速增生，为分娩做准备（母猪妊娠期示意图见图1）。伪狂犬疫苗也是从妊娠中后期75天左右开始免疫。这一时期，如果存在免疫抑制，则会给母猪生产性能和仔猪的健康水平造成很大的影响，可能带来死胎、木乃伊胎、伪狂犬疫苗免疫失败、仔猪弱仔、抵抗力下降、发病率高等一系列问题。
因此，猪场应该更多关注母猪妊娠中后期猪的健康水平和免疫力调节，通过营养调节、改善饲养管理和补充免疫调节剂。猪e网网友介绍，无锡正大畜禽有限和广东台山长江食品有限公司猪场进行联合研究，通过试验研究表明，通过在此阶段添加天然中草药免疫增强剂参黄素( 一种由黄芪、党参复方提取的免疫增强剂)，对母猪产仔率、活仔率、死胎（木乃伊）率、仔猪发病率、哺乳期育成率有显著的影响，同时可以显著提高初乳中的免疫球蛋白（IgG）水平。因此，要提高猪场整体健康水平，要抓住关键的母猪阶段进行合理调控，有利于大大提高猪场生产效益。
综上所述，采用目前通用的抗生素+疫苗的防治疾病的模式已无法控制疫病的流行。
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